「思い出して、翅（はね）があったころのことを」
1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。
太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！
湘南の海に浮かぶ小島、江の島。
美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。
学園には、全国から優秀な子どもが集められ、
最新の機器を使った英才教育が施されていた。
特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、
感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、
謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。
戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。
「想星合体！ GO、アクエリオン！」
繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。
宿命を背負った少年少女は、
得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
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